Visi MA Al-Isti'anah berpegang pada visi awal pesantren, yaitu:
"Terwujudnya Generasi yang Berilmu, Beriman, Bertaqwa, Berakhlaqul Karimah, dan Berwawasan Kebangsaan.
Misi MA Al-Isti'anah
Untuk mencapai visi tersebut, misi yang dilaksanakan meliputi:
- Membentuk karakter peserta didik yang taat beribadah dan memiliki akhlak mulia.
- Menyelenggarakan pendidikan formal dan keagamaan terpadu (boarding school) untuk mencetak generasi yang cerdas dan terampil.
- Menanamkan nilai-nilai keislaman yang moderat dan berwawasan kebangsaan
MA Al-Isti'anah Plangitan Pati mengelola pendidikan formal boarding school yang berfokus pada keseimbangan antara pengetahuan umum dan ilmu agama.